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diff --git a/apply.c b/apply.c
index d2381a157c..45eb790d13 100644
--- a/apply.c
+++ b/apply.c
@@ -48,8 +48,8 @@ struct gitdiff_data {
 
 static void git_apply_config(void)
 {
-	git_config_get_string("apply.whitespace", &apply_default_whitespace);
-	git_config_get_string("apply.ignorewhitespace", &apply_default_ignorewhitespace);
+	repo_config_get_string(the_repository, "apply.whitespace", &apply_default_whitespace);
+	repo_config_get_string(the_repository, "apply.ignorewhitespace", &apply_default_ignorewhitespace);
 	repo_config(the_repository, git_xmerge_config, NULL);
 }